Die Zusammenarbeit mit den Ländern Europas hat für Deutschland eine zentrale Bedeutung; sie ist auch bei der Umsetzung der Fachprogramme des BMBF besonders ausgeprägt. Dabei erfolgt die bilaterale Kooperation vorwiegend im multilateralen Rahmen und ist auf die aktive Ausgestaltung des Europäischen Forschungsraumes (EFR) (siehe auch EU-Drittstaatenkooperation) ausgerichtet. Wissenschaftliche Zusammenarbeit im EFR geschieht weitestgehend in direktem Kontakt zwischen Forschern und Forschungseinrichtungen, ohne dass es besonderer, staatlich unterstützter Kontaktanbahnung bedarf.
Das Internationale Büro unterstützt den forschungspolitischen sowie wissenschaftlichen Dialog mit West-, Nord- und Südeuropa und beteiligt sich an der Einrichtung gemeinsamer Initiativen in europäischen Organisationen und Programmen. Das IB berichtet fortlaufend über aktuelle Entwicklungen im Rahmen der internationalen Politikberichterstattung.